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Submit fastq files to SRA
terminal：(There is standard introduction in the SRA submission page to guide users how to upload the fastq files through FTP) New Remote Connection--Secure file transfer--输入User--点击connect---弹出的对话框输入password /new_folder mput *.fq (upload multiple files) # 由于数据存放在server上，Mac OS terminal上总是无法定位到fastq存放的文件夹，导致始终没法 / #go to the directory where fastq files locate for file in *; do curl -u $username:$password-T $file ftp://$ftpAdress/$directory/; done #transfer all files into the wangxiaoer/new_Folder.
32200编辑于 2024-06-29 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
BioPython分割大fastq为小fastq
biopython.org/wiki/Splitlargefile It useful to be able to split a sequence file into a set of smaller files 第一步：模拟生成双端fastq文件 wgsim -N 4000 -1 150 -2 150 NC_008253.fna reads_1.fastq reads_2.fastq -N 参数用来指定reads "%(i+1) with open(filename,"w") as handle: count = SeqIO.write(batch,handle,"fastq") print("Wrote %i records to %s"%(count,filename)) 相比原文代码稍微改动了一点 使用方法 python3 split_Fastq_into_multiple_Small_fastq.py fastq reads_1.fastq 1000 第一个位置指定文件格式 fastq或者 fasta 第二个位置指定输入文件 第三个位置指定每个小的fastq文件存储的reads数量 结语：好像很慢！
1K30发布于 2020-03-03 - 来自专栏我的技术专刊
fastq 批量处理
首先进入fastq所在文件夹 #cd /path/to/file 1. 质控 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 *.fastq.gz #multiqc ./ 2. 过滤 for i in ls *_combined_R1.fastq.gz; do i=${i/_combined_R1.fastq.gz/}; nohup cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC p ${i}_out_R2.fastq.gz ${i}_combined_R1.fastq.gz ${i}_combined_R2.fastq.gz & done 3. 比对 #for i in ls *_out_R1.fastq.gz; do i=${i/_out_R1.fastq.gz/}; nohup hisat2 -p 8 --dta -x /path/to/file /hg19/genome -1 ${i}_out_R1.fastq.gz -2 ${i}_out_R2.fastq.gz -S ${i}.sam & done 4.
94520编辑于 2021-12-06 - 来自专栏生信喵实验柴
了解fastq文件
.fastq.gz gzip -d illumina_2.fastq.gz 压缩 gzip illumina_1.fastq gzip illumina_2.fastq 2 fastq 文件统计 seqkit stats illumina_1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz 3 统计 fastq 文件每条序列 ATCG 四种碱基组成以及质量值分布 seqtk comp illumina _1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz 4 ATCG 以及质量值分布 seqtk fqchk illumina_1.fastq.gz seqtk fqchk illumina_2 .fastq.gz 57 交叉合并 pairend 文件 seqtk mergepe illumina_1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz >merge.fastq 6 过滤短的序列 illumina_1.fastq.gz 13 拆分数据 seqkit split2 -1 illumina_1.fastq.gz -2 illumina_2.fastq.gz -p 2 -f 14 转换为
3.5K30编辑于 2021-12-21 - 来自专栏单细胞
sra转fastq
因为恰好遇到了PRJNA752099这个数据集，他上传的fastq文件被合并成了一个，所以我需要下载SRA文件重新拆分。正好作为上游最后一块的补充内容。 mkdir fastq_storels SRR* > list.txt#sh脚本samples=$(<list.txt)for s in ${samples};do echo "${s} starts /${s} -O fastq_store -e 10 --include-technical -S echo "${s} finished at $(date)"done这里解释一下faster-dump 运行完成后可以看到每个样本输出了3个fastq文件。 nohup gzip SRR*_1.fastq SRR*_2.fastq SRR*_3.fastq &
47911编辑于 2024-07-12 - 来自专栏HUBU生信
fastq-dump从SRA文件中提取fastq文件
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令，用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。 具体用法如下： Usage: fastq-dump [options] <path> [<path>...] 拆解一个sra文件 cd ~/Seqs fastq-dump --split-files SRR6232298.sra SRR6232298.sra是一个PE测序结果，所以，需要--split-files 参数可以将其分解为两个fastq文件。 /bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --split-files $i done Ctrl+O; Ctrl+X保存退出。
9.5K30发布于 2018-12-27 - 来自专栏生物信息学_troubleshooting
Download fastq from SRA
./ will save the tmp downloading files, and will be deleted when the download is finished. #-O save the output (fastq files, not sra files) in the sra folder.
18500编辑于 2024-11-20 - 来自专栏TopFE
Download files
下载存储在谷歌云端硬盘中的文件 要下载存储在谷歌云端硬盘中的文件，使用 files.get方法与文件的ID来下载和alt=mediaURL参数。 file_id = '0BwwA4oUTeiV1UVNwOHItT0xfa2M' request = drive_service.files().get_media(fileId=file_id) fh 例如： Range: bytes=500-999 注：部分下载而出口谷歌文档不支持 下载谷歌文档 下载使用G套房文档 files.export方法。 下面的例子演示了如何使用客户端库以PDF格式下载谷歌文档： file_id = '1ZdR3L3qP4Bkq8noWLJHSr_iBau0DNT4Kli4SxNc2YEo' request = drive_service.files
1.6K20编辑于 2022-01-24 - 来自专栏时悦的学习笔记
Oracle ASM Files
ASM文件(ASM Files) 存储在ASM 磁盘组的文件称之为ASM 文件，Oracle数据库和ASM通过ASM 文件来交互 磁盘组支持如下类型的文件 控制文件 数据文件，临时文件，数据文件拷贝 SPFILEs
1.8K30发布于 2020-08-18 - 来自专栏快乐阿超
Files.delete
boolean delete = file.delete(); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } } 还可以使用Files 工具类： try { boolean delete = Files.deleteIfExists(Paths.get("D:\\file\\projects\\img-comparison-demo \\target\\generated-sources")); } catch (IOException e) { e.printStackTrace(); } Files还提供了很多的api就不一一列举了
97540编辑于 2022-08-21 - 来自专栏若尘的技术专栏
fastq文件格式解读
原理就是将两个文件内容依次输入到一个新的文件内，你也可以将第二个文件内容追加到第一个文件后面。
2.1K105编辑于 2021-12-04 - 来自专栏R语言&linux
FASTQ数据格式介绍
.fastq.gz | grep '^@SRR' |wc -lzless -S SRR1039510_1.fastq.gz | paste - - - - |wc -lzless SRR1039510 _1.fastq.gz |wc -l | awk '{print $0/4}'zless -S SRR1039510_1.fastq.gz |awk '{ if(NR%4==2) {print} }' _1.fastq.gz |awk '{if(NR%4==1){print}}' |less -S3.输出SRR1039510_1.fastq.gz文件中所有的序列（即第二行）zless SRR1039510 _1.fastq.gz | paste - - - - |cut -f 2 |less -Szless -S SRR1039510_1.fastq.gz |awk '{if(NR%4==2){print }}' |less -S 4.统计SRR1039510_1.fastq.gz碱基总数# 简单版本zless -S SRR1039510_1.fastq.gz |paste - - - - |cut -f
1.2K20编辑于 2023-10-19 - 来自专栏技术小黑屋
BashBites:Check Files
Here is a reference material from Stackoverflowhttp://stackoverflow.com/questions/3767267/check-if-file-exists
84320发布于 2018-09-04 - 来自专栏技术小黑屋
Scan Media Files in Android
Android Media Scanning Mechanism Android provides a great application for developers to add created media files http://developer.android.com/reference/android/media/MediaScannerConnection.html How To Scan Mutiple Files file.exists()) { return null; } // lastModified is in milliseconds on Files file.lastModified() / 1000; // always scan the file, so we can return the content://media Uri for existing files
1.9K20发布于 2018-09-04 - 来自专栏生信技能树
fast5和fastq格式
通过MinKNOW2.2软件包中的Guppy软件进行base calling后会将fast5格式数据转换为fastq格式，用于后续质控分析。 （通常测序服务商会给你fastq格式的数据结果） 上次我们提到对于ONT原始下机数据混样建库和非混样建库数据稍微有些区别。 rawdata_file 主要是看fast5和fastq文件： fast5：原始电信号文件，以.fast5为文件结尾。此文件既有测序得到的序列信息，还有甲基化修饰信息。 fastq：由fast5文件转换而来，以.fastq或.fq结尾，与二代格式一样，四行为一个单位，只不过序列要长很多，这是三代的一个优势。 ? fastq 可以看到，测序的每个reads的碱基数量非常多！这里面的质量值，仍然是符合fastq格式的定义哦！
1.7K20发布于 2020-04-14 - 来自专栏小道
spark-submit --files
一、原理 spark-submit --files通常用来加载外部资源文件，在driver和executor进程中进行访问 –files和–jars基本相同 二、使用步骤 2.1 添加文件 spark-submit --files file_paths 其中file_paths可为多种方式：file: | hdfs:// | http:// | ftp:// | local:（多个路径用逗号隔开 xxx/lib/spark/jars/gson-2.8.1.jar,/xxx/CDH-x.x.x-1.cdhx.1.1.p0.xxx/lib/hive/lib/* -Dspark.yarn.dist.files "$files" \ #/path/服务器本地文件 --class xxxApplication /xxx/xxx-1.0-SNAPSHOT.jar -jn $obj -sq "$sql" -ptby $ptby 2.2 获取文件 2.2.1 方案一 //If you add your external files using "spark-submit --files" your files will
1.3K20编辑于 2023-10-17 - 来自专栏生物信息学
根据id快速提取fastq序列
根据fastq序列的id，从原始fastq中提取序列这个操作，应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果大家用过Biopython，应该知道Bio模块在做fastq这些文件的处理时非常方便。 还是举个例子比较好，我从比对筛选过滤之后的bam文件中提取了第一列序列名，保存为id.name文件，想根据这个id文件从原始的fastq文件（单端）raw.fastq中把序列提出来。 这里id.name中id数目42万左右，raw.fastq序列数1000万左右： $ wc -l id.name426648 id.name$ wc -l raw.fastq 41867248 "):#input raw.fastq if seq_record.id in name_list: SeqIO.write(seq_record,out_handle,"fastq")#write 然后我查了下Bio中其实有针对fastq快速处理的FastqGeneralIterator，于是我使用FastqGeneralIterator又写了一个脚本： extract_fastq_reads_by_bam_id_v1
3.9K30发布于 2020-04-14 - 来自专栏微生态与微进化
测序数据的解析：Fastq与FastQC
Fastq格式 二代测序平台获得的原始数据为fastq（或为压缩文件fq.gz）格式，包含双末端测序所得的正向和反向两个文件（通常用“1”和“2”来区分），如下所示： 每一个read包含四行内容，其中第一行以 fastqfile为原始测序数据，也可以是fq.gz压缩文件： #可以同时检查正反向原始数据： fastqc -o fastqc -t 20 R1.fastq R2.fastq #对于大批量的数据，也可以用过管道命令和 和上面的duplicate analysis一样，为了计算方便，只取了fastq数据的前100,000条reads进行统计，所以有可能over-represented reads不全在里面。
7.7K30编辑于 2022-05-05 - 来自专栏叕鰦座
SAP.SIM Files
Create Sap Sim Files SAP.sim files tcodes (Transaction Codes). SIM files allow to share and load custom characters and include them into a simulation. SIM files produced by different software may use a range of text-based and binary formats. VT Performance Analyzer uses.sim files to save simulated run conditions. Software to open or convert SIM files You can open SIM files with the following programs.
77330发布于 2021-03-11 - 来自专栏YG小书屋
MapReduce：N keys，N files
MapReduce中，不管是map阶段还是reduce阶段，二者的输入和输出都是key，value类型的值。现在有个需求是根据map阶段返回值key的个数，生成相应个数的文件。也就说一个key写到一个文件中，每个文件只能包含一个key。
1.1K40发布于 2018-12-14
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